Contratación con EPS en Colombia: modalidades de pago, acuerdo de voluntades y cómo facturar cada una sin glosas

Qué es el acuerdo de voluntades y por qué define tu flujo de caja

En el sistema de salud colombiano, la relación entre quien presta el servicio y quien lo paga se formaliza en un acuerdo de voluntades: el contrato entre el prestador (IPS o profesional independiente) y la entidad responsable de pago (EPS, ARL, entidad territorial, régimen especial). Ese documento no es un trámite administrativo más. Determina tres cosas que impactan directamente la caja del consultorio o de la IPS:

• Cuándo entra la plata: si el pago es anticipado (capitación, pago global prospectivo) o posterior a la prestación (evento).
• Qué tienes que radicar: los soportes, la periodicidad y la forma en que se arman la factura y los RIPS.
• Cuánto puedes perder por glosas: porque una modalidad mal facturada se devuelve o se glosa completa, no parcialmente.

El marco normativo es el Decreto 4747 de 2007, hoy compilado en el Decreto 780 de 2016 (Decreto Único Reglamentario del Sector Salud) y actualizado por el Decreto 441 de 2022, que fue la primera revisión de fondo en quince años a las reglas de contratación entre pagadores y prestadores. A eso se suman las normas de facturación: la Resolución 2284 de 2023, que fijó los soportes de cobro y el Manual Único de Devoluciones, Glosas y Respuestas, y la Resolución 948 de 2026, que rige los RIPS como soporte de la factura electrónica de venta en salud.

Las cuatro modalidades de pago que reconoce la norma

La normativa colombiana reconoce cuatro modalidades, y son excluyentes: cada factura se emite bajo una sola. Así funciona cada una:

• Pago por evento. Se paga cada actividad, procedimiento, insumo o medicamento efectivamente prestado, con tarifas pactadas previamente. La unidad de pago es la prestación individual. Es la modalidad más común para especialistas, apoyo diagnóstico y consulta ambulatoria; el riesgo económico se queda casi todo en el pagador, pero el prestador cobra solo después de prestar y radicar.
• Pago por caso, conjunto integral de atenciones o paquete. Se paga un conjunto de actividades ligadas a un evento, diagnóstico o grupo relacionado por diagnóstico: por ejemplo, un parto con todo lo que implica, o una cirugía con insumos, ayudas y controles. La unidad de pago es el caso completo. Exige conocer muy bien tus costos, porque las complicaciones dentro del paquete ya están incluidas.
• Pago por capitación. Pago anticipado de una suma fija por cada persona adscrita que tendrá derecho a ser atendida durante un período, sobre un grupo de servicios preestablecido. Tras el Decreto 441 de 2022 se orienta a servicios de baja complejidad. Da flujo de caja estable, pero traslada al prestador el riesgo de la demanda: si la población consulta más de lo proyectado, el ingreso no sube.
• Pago global prospectivo (PGP). Se establece por anticipado una suma global para cubrir, durante un período (normalmente un año), un número estimado de episodios de atención o tecnologías para una población con riesgos definidos, y se ajusta al cierre según lo efectivamente prestado. Requiere nota técnica, mecanismos de ajuste por riesgo y desviaciones, e indicadores de seguimiento. Puedes revisar el detalle del modelo en el glosario de pago global prospectivo (PGP).

Ninguna modalidad es "mejor" en abstracto. La pregunta correcta antes de firmar es: ¿tengo cómo medir mi costo por atención y mi frecuencia de uso? Sin ese dato, cualquier modalidad prospectiva —capitación o PGP— es una apuesta a ciegas.

Qué debe contener el acuerdo antes de que lo firmes

El Decreto 441 de 2022 estandarizó el contenido mínimo de los acuerdos de voluntades. Antes de firmar, verifica que el documento incluya, de forma expresa:

1. Objeto, plazo y población. Qué servicios se contratan, por cuánto tiempo y para qué población, con bases de datos de usuarios y sus reglas de actualización.
2. Modalidad de pago y tarifas. Una sola modalidad por acuerdo (o claramente delimitada por grupo de servicios), con el manual tarifario o la tabla de precios anexa y las reglas de actualización.
3. Nota técnica en modalidades prospectivas: población, frecuencias esperadas, severidad, costo esperado y los supuestos con los que se calculó la suma global.
4. Mecanismos de ajuste: qué pasa si la población crece, si cambia el perfil de riesgo o si se presentan desviaciones extremas de costo.
5. Indicadores de desempeño y su periodicidad de medición: acceso, oportunidad, resultados en salud, satisfacción.
6. Condiciones de radicación y pago: dónde y cómo se radica, qué soportes se exigen, plazos de pago —que no pueden exceder los términos de las Leyes 1122 de 2007, 1438 de 2011 y 2024 de 2020— y reglas de anticipos.
7. Prórroga automática, terminación y liquidación, además del mecanismo de solución de controversias.

Dos detalles que se suelen pasar por alto: cuando el modelo contempla pagos anticipados, el pagador debe informarte el detalle del pago aplicado dentro de los tres días hábiles siguientes a la radicación de la factura, y ese detalle no puede modificarse después salvo en facturas con glosa aceptada. Y las autorizaciones previas fueron eliminadas para las rutas integrales de atención, con excepciones puntuales como cáncer pediátrico, cáncer de adultos y VIH: si te siguen exigiendo autorización para todo, vale la pena revisar el clausulado.

Cómo cambia tu facturación según la modalidad

Aquí es donde se pierden más facturas. La factura electrónica de venta en salud incluye un campo obligatorio de modalidad de pago, con códigos tomados de las tablas de referencia de SISPRO, y ese dato debe coincidir con el contrato. La Resolución 948 de 2026 —que derogó la 2275 de 2023 y sus modificatorias— agregó el Código Único de Contrato (CUCON) para amarrar cada factura y sus RIPS al acuerdo correspondiente. Si quieres el panorama completo de esa norma, lo desarrollamos en qué cambia en el RIPS como soporte de la factura electrónica.

Las reglas prácticas por modalidad:

• Pago por evento: RIPS detallados por prestación, con el valor real cobrado en cada servicio. Es la única modalidad en la que el valor del servicio viaja dentro del RIPS.
• Pago por caso o paquete: se factura el caso completo; los RIPS documentan las prestaciones incluidas, pero el valor del servicio va en cero.
• Capitación: la primera factura del contrato no exige RIPS de servicios, porque todavía no hay período prestado. De la segunda en adelante se anexan los RIPS del período anterior ya validados.
• PGP: el valor pactado se refleja en la factura y en el anticipo; los RIPS reportan las atenciones con valor de servicio en cero, y al cierre del período se concilia contra lo efectivamente prestado.

Devoluciones y glosas: los plazos que no puedes dejar pasar

La Resolución 2284 de 2023 adoptó el Manual Único de Devoluciones, Glosas y Respuestas, vigente desde el 1 de abril de 2024, y unificó en un solo anexo lo que antes estaba repartido en los anexos técnicos de la Resolución 3047 de 2008 y sus modificatorias. Conviene tener claras dos figuras que se confunden todo el tiempo:

• Devolución: la factura se regresa completa porque hay una causal que impide su trámite (no corresponde al pagador, falta de soportes, usuario no afiliado, factura que no cumple requisitos). No se discute el valor: no entra a cuentas.
• Glosa: la factura sí entra, pero el pagador objeta total o parcialmente el valor por diferencias en pertinencia, tarifas, soportes, autorizaciones o cobertura. Aquí sí hay debate técnico y probatorio. En el glosario de glosa en salud está el detalle de las categorías.

Los plazos del artículo 57 de la Ley 1438 de 2011 siguen siendo la columna vertebral del trámite:

• 20 días hábiles tiene la entidad responsable de pago, desde la presentación de la factura con todos sus soportes, para formular y comunicar las glosas.
• 15 días hábiles tiene el prestador para responder, aceptando o justificando la no aceptación.
• 7 días hábiles adicionales tiene el prestador para subsanar la causa de las glosas no levantadas, cuando son subsanables.
• 10 días hábiles tiene el pagador, desde que recibe la respuesta, para levantar total o parcialmente la glosa o dejarla como definitiva.

Y en devoluciones, el Manual Único da cinco días hábiles al pagador para aceptar la respuesta del prestador o reiterar la devolución. Perder cualquiera de estos plazos por no tener quién haga seguimiento es, en la práctica, regalar cartera: la respuesta extemporánea debilita la posición del prestador en la conciliación.

Qué debe resolverte el software (y qué sigue siendo tuyo)

Ninguna herramienta negocia el contrato por ti, pero sí evita que la operación diaria destruya lo que negociaste. Lo mínimo que debería hacer tu sistema:

• Guardar los contratos con su modalidad, tarifas y CUCON, de modo que al facturar una atención el sistema sepa a qué acuerdo pertenece y con qué precio.
• Armar los RIPS y la FEV según la modalidad, poniendo el valor del servicio en cero cuando corresponde, sin que nadie tenga que acordarse de la regla.
• Validar antes de radicar, para que los errores se corrijan en el consultorio y no tres semanas después en una devolución.
• Controlar cartera y plazos: qué se radicó, qué está glosado, cuántos días hábiles quedan para responder.
• Dar trazabilidad clínica: la defensa de una glosa de pertinencia se gana con la historia clínica bien documentada, no con correos.

En Saludtools la generación de RIPS y la facturación electrónica en salud están conectadas con la historia clínica, de modo que la atención registrada alimenta directamente el soporte de cobro. Si estás en proceso de evaluar herramientas, revisa también los criterios para evaluar un software de RIPS y facturación antes de contratar.

Una última nota de contexto: el 21 de julio de 2026 se radicó en el Congreso un nuevo proyecto de reforma a la salud que plantea cambios en el flujo de recursos y en las reglas de pago a prestadores. Es un proyecto de ley, no una norma vigente: mientras surta su trámite, las reglas que aplican a tus contratos siguen siendo el Decreto 780 de 2016 con las modificaciones del Decreto 441 de 2022, la Resolución 2284 de 2023 y la Resolución 948 de 2026.