Impuestos y seguridad social del médico independiente en Colombia: guía práctica 2026

Lo primero: cómo te contratan define todo lo demás

Antes de hablar de porcentajes hay que definir en qué categoría estás, porque de ahí salen la base de cotización, la retención que te aplican y las deducciones a las que tienes derecho. La normativa distingue tres figuras y un médico puede estar en dos al mismo tiempo:

• Independiente con contrato de prestación de servicios personales. Es el caso del médico que factura a una IPS, una clínica o una EPS por su trabajo personal. Cotiza sobre el 40% del valor mensualizado del contrato, sin incluir el IVA, y no puede restar costos de esa base.
• Independiente por cuenta propia. Es el médico con consulta particular en su propio consultorio, que cobra directamente al paciente. Cotiza sobre el 40% de sus ingresos netos, es decir, después de restar los costos y gastos de la actividad.
• Independiente con contrato distinto al de prestación de servicios personales. Aplica cuando el contrato implica subcontratar personal o comprar insumos y expensas. También puede depurar costos antes de aplicar el 40%.

La regla vigente está en el artículo 89 de la Ley 2277 de 2022, que retomó el tema después de que el artículo 244 de la Ley 1955 de 2019 fuera declarado inexequible por la Corte Constitucional (Sentencia C-068 de 2020, con efectos diferidos hasta junio de 2022). Es un detalle que importa: mucha información que circula todavía cita la norma derogada.

Seguridad social: cómo se calcula el IBC y cuánto se paga realmente

El ingreso base de cotización (IBC) es el número sobre el que se calcula todo. Una vez lo tienes, los porcentajes son fijos:

• Salud: 12,5% del IBC. El independiente asume el aporte completo, no hay empleador que ponga la otra parte.
• Pensión: 16% del IBC. Igual, a cargo del cotizante.
• Riesgos laborales (ARL): el porcentaje depende de la clase de riesgo de la actividad. En consulta ambulatoria suele ser clase I o II. Para contratos de prestación de servicios de más de un mes, la afiliación se tramita a través del contratante; la cotización corre por cuenta del contratista cuando el riesgo es I, II o III, y por cuenta del contratante cuando es IV o V (Decreto 723 de 2013).
• Fondo de Solidaridad Pensional: se activa cuando el IBC llega a cuatro salarios mínimos ($7.003.620 en 2026). Empieza en 1% adicional y sube por escalones hasta 2% en los IBC más altos.

El IBC nunca puede ser inferior a un salario mínimo. En 2026 ese piso quedó en $1.750.905, valor fijado de forma transitoria por el Decreto 0159 de 2026 después de que el Consejo de Estado suspendiera provisionalmente el Decreto 1469 de 2025 que lo había establecido. Con ese piso, el aporte mínimo mensual de salud y pensión es de $499.008 (28,5%), sin contar ARL.

Cuando cotizar sobre el 40% no alcanza

Hay una trampa aritmética conocida: si tu contrato mensual es de $4.000.000, tu IBC es $1.600.000, que está por debajo del salario mínimo. En ese caso debes cotizar sobre el mínimo, no sobre el 40%. En la práctica, todo contrato por debajo de unos $4.377.000 mensuales lleva a cotizar sobre el piso.

Restar costos sin pelearte con la UGPP

Si eres independiente por cuenta propia tienes dos caminos para depurar tus ingresos antes de aplicar el 40%:

1. Costos reales. Restas los gastos que cumplan los criterios del artículo 107 del Estatuto Tributario —relación de causalidad, necesidad y proporcionalidad— y guardas los soportes. Es el camino que más base reduce cuando tienes consultorio propio con arriendo, servicios y personal.
2. Esquema de presunción de costos. La UGPP definió porcentajes de costos por actividad económica que puedes descontar sin presentar soportes (Resolución 209 de 2020, en el marco del Decreto 1601 de 2022). Es más simple, pero suele ser menos favorable que los costos reales si tu consultorio tiene gastos altos.

Elegir uno u otro es una decisión anual y conviene tomarla con tu contador. Lo que no es opcional es conservar la evidencia: la UGPP tiene facultades de fiscalización y los procesos por subcotización terminan en liquidaciones oficiales con intereses y sanción por inexactitud.

Impuestos: retención, declaración y las dos rutas para bajar la base

La retención en la fuente es un anticipo, no un impuesto extra

Cuando facturas a una IPS, una clínica o una empresa, te retienen sobre los honorarios. La tarifa para personas naturales es del 10%, y sube al 11% cuando del contrato se desprende que tus ingresos del año con ese agente retenedor superarán 3.300 UVT ($172.834.200 con la UVT de 2026, fijada en $52.374), cuando los pagos acumulados ya superaron ese tope, o cuando quien factura es una persona jurídica. Si prestas servicios que no son honorarios sino servicios generales, la tarifa cambia. Todo lo retenido se descuenta del impuesto que liquidas en la declaración: si te retuvieron más de lo que debías, la diferencia se convierte en saldo a favor.

¿Estás obligado a declarar renta?

Por el año gravable 2025 hay que declarar si se superó cualquiera de estos topes (calculados con la UVT de 2025, $49.799):

• Ingresos brutos iguales o superiores a 1.400 UVT: $69.718.600.
• Patrimonio bruto a 31 de diciembre igual o superior a 4.500 UVT: $224.095.500.
• Consumos con tarjeta de crédito, compras y consumos totales, o consignaciones, depósitos e inversiones financieras por 1.400 UVT o más.

Ojo con el tercer criterio: es el que sorprende a los médicos que cobran consulta particular. No importa que tus ingresos sean modestos; si por tu cuenta pasaron consignaciones por más de $69.718.600 —incluyendo lo que después sale para pagar arriendo, insumos y personal—, quedas obligado a declarar. Los vencimientos de 2026 corren del 12 de agosto al 26 de octubre, según los dos últimos dígitos del NIT o de la cédula.

Las dos rutas para depurar: renta exenta o costos

Aquí está la decisión que más dinero mueve y donde más se equivoca la gente. Los honorarios se declaran dentro de la cédula general y tienes dos caminos excluyentes:

• Ruta A — renta exenta del 25%. El numeral 10 del artículo 206 del Estatuto Tributario permite tratar como exento el 25% de los pagos laborales, con tope de 790 UVT anuales. Solo aplica a honorarios si vinculas menos de dos trabajadores o contratistas por 90 días o más. Tomar esta exención excluye restar costos y gastos.
• Ruta B — costos y gastos reales. Si tienes consultorio con arriendo, equipos, insumos y personal, restar los costos suele superar por mucho el 25% exento. Es la ruta natural del médico con infraestructura propia, y la obligatoria si vinculaste dos o más personas por 90 días o más.

Sobre las demás deducciones y rentas exentas de la cédula general opera un techo doble: no pueden superar el 40% del ingreso depurado ni 1.340 UVT anuales (artículo 336 del Estatuto Tributario). Fuera de ese techo queda la deducción por dependientes que introdujo la Ley 2277 de 2022: 72 UVT por dependiente, hasta cuatro dependientes, según la doctrina de la DIAN.

¿Y el régimen simple?

El Régimen Simple de Tributación es una alternativa que unifica varios impuestos en una tarifa sobre ingresos brutos y permite pagar anticipos bimestrales. Pueden inscribirse quienes en el año anterior tuvieron ingresos brutos inferiores a 100.000 UVT. Tras la Sentencia C-540 de 2023, que tumbó las subdivisiones que había introducido la Ley 2277 de 2022, las profesiones liberales volvieron al grupo 3, cuya tarifa arranca en 5,9% para ingresos de hasta 6.000 UVT y sube por rangos. Conviene o no según cuántos costos reales tengas: como el simple se liquida sobre ingresos brutos, un consultorio con gastos altos suele salir mejor en el régimen ordinario. Es exactamente el tipo de cálculo que vale la pena hacer con un contador antes de inscribirse, porque la decisión se toma una vez al año.

IVA, factura y los documentos que te van a pedir

Los servicios médicos para la salud humana están excluidos de IVA por el numeral 1 del artículo 476 del Estatuto Tributario. No cobras IVA, y tampoco tienes IVA descontable. Eso simplifica la vida, pero no elimina la obligación de documentar lo que cobras.

Sobre la facturación, la Resolución 165 de 2023 de la DIAN exceptúa de expedir factura a las personas naturales que únicamente venden bienes o prestan servicios excluidos de IVA y cuyos ingresos brutos del año anterior o del año en curso sean inferiores a 3.500 UVT (unos $183.309.000 con la UVT de 2026). Superado ese umbral —o si decides facturar voluntariamente, que suele ser lo más ordenado— entras al esquema de factura electrónica de venta con validación previa. Si tienes contrato con una IPS o una EPS, casi siempre te la van a exigir desde el primer peso, porque ellas necesitan el soporte para su propia contabilidad y para sus reportes.

Si estás empezando y todavía no tienes resuelta la operación de cobro, en esta guía explicamos cómo facturar siendo médico independiente paso a paso, y en esta otra, cómo cobrar en el consultorio con datáfono, transferencia o link de pago sin desordenar la conciliación.

Cuatro errores que salen caros y cómo evitarlos

• Cotizar siempre sobre el mínimo "porque así lo hace todo el mundo". Si tus ingresos crecieron, el IBC debe crecer. La UGPP cruza información de la DIAN y de las administradoras: la subcotización aparece años después con intereses y sanción, y además te deja una pensión más baja.
• Confundir retención con impuesto. Muchos médicos no declaran porque "ya les retuvieron". La retención es un anticipo; si no declaras estando obligado, pierdes la posibilidad de recuperar saldos a favor y acumulas sanción por extemporaneidad.
• Tomar el 25% exento y además restar costos. No se puede hacer simultáneamente sobre los mismos honorarios. Es uno de los errores que la DIAN detecta con más facilidad al comparar tu declaración con la información exógena de quienes te pagaron.
• No dejar rastro de la actividad. Sin agenda, sin registro de atenciones y sin facturación ordenada, es imposible reconstruir cuántas consultas hiciste y cuánto cobraste. Ese vacío se paga dos veces: ante la DIAN y ante cualquier auditoría de habilitación.

Dos frentes que conviene revisar el mismo día que ordenas lo tributario: que tu registro en el ReTHUS esté al día, porque de él dependen tu habilitación y buena parte de tus contratos, y que tengas claro cuánto cobrar por la consulta particular incluyendo la carga de aportes e impuestos dentro del costo de tu hora. Un precio calculado sin contar el 28,5% de seguridad social es un precio que no cubre tu operación.

Dónde entra el software en todo esto

Nada de lo anterior se resuelve con un software, pero casi todo se vuelve más fácil cuando la información existe. La historia clínica electrónica y el módulo de agenda dejan trazabilidad de cuántas atenciones prestaste y en qué fechas; la facturación integrada evita que el cobro viva en un cuaderno aparte del registro clínico. Cuando llega la declaración de renta o una solicitud de la UGPP, la diferencia entre reconstruir un año de trabajo a mano y exportar un reporte es de semanas.

En Saludtools el plan es individual: cada profesional tiene el suyo, con su historia clínica, su agenda y su facturación. Para el médico independiente eso significa que la información de su práctica queda en un solo lugar, sin depender de que una institución le comparta reportes. Si vas a evaluar herramientas, en esta guía repasamos los criterios para elegir un software de historia clínica antes de contratar.