Requisitos para abrir un consultorio médico en Colombia: guía 2026 paso a paso

El orden importa: primero tú, después el espacio

El error más caro al montar un consultorio es invertir en el local antes de resolver los papeles. Se firma un arriendo de un año, se compra dotación, y al llegar a la secretaría de salud aparece que el espacio no cumple un criterio de infraestructura, que el título no está registrado, o que el servicio que se quería ofertar exige una condición de talento humano que no se tiene. Adecuar después cuesta el doble.

La ruta lógica tiene cuatro tramos, y cada uno depende del anterior:

• Habilitarte a ti: registro del título y aparición en el ReTHUS. Sin esto no hay nada más.
• Formalizarte: RUT con la actividad económica correcta y la capacidad de emitir factura electrónica.
• Habilitar el servicio: autoevaluación de los estándares e inscripción en el REPS ante tu secretaría de salud.
• Sostenerlo: historia clínica en regla, manejo de residuos, protección de datos y los reportes que te correspondan.

Los tres primeros son trámites con fecha de inicio y de fin. El cuarto no se acaba nunca: es la operación del consultorio, y es donde se juegan las visitas de verificación.

Paso 1. Los registros que te habilitan como profesional

Antes de que exista el consultorio tienes que existir tú como prestador reconocido por el sistema. Eso significa, en la práctica, aparecer en el ReTHUS, el Registro Único Nacional del Talento Humano en Salud. Es la base que consultan las secretarías, las EPS, las aseguradoras y cualquier paciente que quiera verificarte.

El ReTHUS no se solicita directamente: se alimenta del registro de tu título ante la autoridad competente de tu profesión, que expide la autorización de ejercicio. Si estudiaste fuera de Colombia, ese trámite va después de la convalidación del título ante el Ministerio de Educación, que es un proceso aparte y con tiempos propios.

Dos precisiones que ahorran llamadas:

• La tarjeta profesional física dejó de ser el documento que acredita el ejercicio. Lo que vale hoy es la constancia del ReTHUS, consultable en línea. Si necesitas el detalle de qué aplica según tu profesión, lo desarrollamos en la guía de la tarjeta profesional en salud.
• Verifica cómo apareces antes de arrancar cualquier trámite. Nombres mal digitados, un título que no subió o una especialidad que no quedó registrada bloquean después la inscripción en el REPS, y corregirlo toma semanas.

Paso 2. RUT, actividad económica y facturación

Para cobrar por tu consulta necesitas RUT actualizado con la actividad económica de servicios de salud y la responsabilidad de facturar electrónicamente ante la DIAN. Esto aplica igual si atiendes solo pacientes particulares: la factura electrónica no depende de que haya una EPS de por medio, sino de que haya una venta de servicios.

Hay un punto tributario que conviene tener claro desde el principio, porque cambia la forma de presupuestar: los servicios médicos para la salud humana están excluidos de IVA por el artículo 476 del Estatuto Tributario. Excluido no es lo mismo que exento: no cobras IVA en tu consulta, pero tampoco puedes descontar el IVA que pagas en tus compras, así que ese impuesto entra como mayor valor del costo de la dotación y los insumos.

La mecánica completa de emisión, resoluciones de numeración y proveedores tecnológicos está en cómo facturar siendo médico independiente en Colombia. Y una nota que aplica a todo este bloque: esto es orientación general, no reemplaza la asesoría de un contador que conozca tu caso, tu volumen y tu régimen.

Paso 3. La inscripción en el REPS: el trámite que convierte tu espacio en un servicio de salud

Aquí es donde se hace el consultorio. La habilitación es el proceso mediante el cual declaras ante la secretaría de salud que cumples las condiciones mínimas para prestar un servicio, y el REPS es el registro donde queda constancia pública de ello. Todo prestador —incluido el profesional independiente— debe estar inscrito con al menos una sede y un servicio habilitado.

El trámite se hace ante la secretaría de salud departamental o distrital de la ciudad donde vas a atender, y tiene tres momentos:

1. Autoevaluación. Antes de inscribirte revisas, estándar por estándar, si tu consultorio cumple. No es un formalismo: es la declaración con la que te comprometes, y es lo que verifican después.
2. Inscripción y declaración de cumplimiento. Registras el prestador, la sede y cada servicio que vas a ofertar, con su modalidad y complejidad.
3. Verificación. La secretaría puede visitarte para constatar lo declarado. De ahí salen los hallazgos, los planes de mejora y, en casos graves, las medidas sanitarias.

Un detalle que sorprende a muchos: el trámite es gratuito. Las secretarías no pueden cobrar por la inscripción, las visitas, la certificación ni el registro de novedades. Si alguien te ofrece "gestionar la habilitación" por un valor, lo que estás pagando es asesoría privada para preparar el cumplimiento, no el trámite en sí.

Si quieres ver cómo queda tu registro una vez publicado —y de paso verificar a colegas o a la sede que te arrienda—, en cómo consultar el REPS explicamos la consulta pública paso a paso.

Qué norma rige hoy: 3100, 465 y la nueva 1732 de 2026

Este es el punto donde más información desactualizada circula, así que vale la pena ordenarlo.

• Resolución 3100 de 2019: es el marco bajo el cual se inscriben y verifican hoy los prestadores. Define el procedimiento de inscripción y el manual con los estándares de habilitación.
• Resolución 465 de 2025: modificó los artículos 4, 5, 7, 19 y 20 de la 3100, con ajustes en inscripción, verificación y algunos criterios de servicios. No la derogó: la complementa.
• Resolución 1732 de 2026: expedida el 5 de agosto de 2026, adopta un manual nuevo de inscripción y habilitación, y está llamada a reemplazar la 3100 y sus ocho modificaciones. Rige desde su expedición y surte efectos a partir de su publicación en el Diario Oficial, momento desde el cual corren 12 meses de transición.

Tres cambios de la 1732 que conviene conocer desde ya, porque afectan directamente a quien abre por primera vez:

• Visita de verificación previa para quien se inscribe por primera vez. Si en esa visita aparecen hallazgos que no comprometen la seguridad del paciente, la entidad otorga por una única vez un plazo de hasta 10 días calendario para subsanarlos.
• Inscripción inicial con vigencia de 4 años y renovación anual condicionada a haber hecho la autoevaluación en el REPS. Si no la haces, el servicio se inactiva.
• Una sola norma para inscripción, autoevaluación, verificación y cierre, en lugar del rompecabezas actual de resolución más ocho modificaciones.

El desglose completo de la norma expedida está en Resolución 1732 de 2026: el nuevo manual de habilitación ya está expedido.

Los estándares que te van a verificar

El manual de habilitación agrupa las condiciones en siete estándares. Para un consultorio de consulta externa de baja complejidad, así se traducen en la práctica:

• Talento humano: que quien preste el servicio tenga el título, el registro y la autorización de ejercicio que corresponden al servicio declarado. Si vas a tener auxiliar o personal de apoyo, sus soportes también.
• Infraestructura: área de consulta con privacidad visual y auditiva, lavamanos, iluminación y ventilación, pisos y superficies lavables, y las condiciones de accesibilidad y seguridad del inmueble.
• Dotación: el equipo biomédico necesario para tu servicio, con hojas de vida y soporte de mantenimiento. Un tensiómetro sin mantenimiento documentado es un hallazgo tan real como no tenerlo.
• Medicamentos, dispositivos médicos e insumos: almacenamiento, control de fechas de vencimiento y cadena de frío cuando aplique.
• Procesos prioritarios: los protocolos escritos y socializados —bioseguridad, manejo de eventos adversos, reanimación, referencia y contrarreferencia— acordes a tu servicio.
• Historia clínica y registros: que exista, que cumpla los campos mínimos, que esté custodiada y que se pueda recuperar. Es el estándar donde más se pierden puntos.
• Interdependencia: si tu servicio requiere apoyo de otro (laboratorio, imágenes, esterilización), debes acreditar cómo lo resuelves, propio o contratado con un prestador habilitado.

Si arriendas consultorio por horas en una torre médica o un coworking clínico, revisa un punto antes de firmar: quién declara la sede en el REPS. Que el edificio esté habilitado no te habilita a ti, y el servicio que ofertas tiene que estar amparado por una inscripción, sea la tuya o la del prestador que te subarrienda con contrato.

Lo que empieza el día que abres: residuos, historia clínica y datos

Residuos

Desde el primer paciente generas residuos con riesgo biológico. La Resolución 591 de 2024, conjunta de los ministerios de Salud y Ambiente, adoptó el manual vigente de gestión integral de residuos generados en la atención en salud; su periodo de transición terminó en octubre de 2025, así que hoy es la única norma aplicable, también para consultorios pequeños. Necesitas tu PGIRASA documentado, la segregación en la fuente y el contrato con un gestor autorizado. El detalle práctico está en manejo de residuos en el consultorio médico.

Historia clínica

La historia clínica se rige por la Resolución 1995 de 1999, modificada por la Resolución 839 de 2017, que fijó las reglas de custodia, conservación por 15 años y disposición final. La norma no te obliga a usar software: te obliga a que la historia sea completa, oportuna, legible, secuencial y recuperable. En papel eso significa archivo bajo llave, control de acceso y un plan de custodia; en electrónico, un sistema con trazabilidad y respaldo. La diferencia aparece en la visita, cuando piden una historia de hace ocho meses y hay que encontrarla.

Datos personales

Los datos de salud son datos sensibles bajo la Ley 1581 de 2012. Como persona natural no estás obligado a inscribir tus bases en el Registro Nacional de Bases de Datos ante la SIC —esa obligación quedó limitada a sociedades y entidades sin ánimo de lucro con activos superiores a 100.000 UVT y a personas jurídicas públicas—, pero el resto de la ley sí te aplica completa: política de tratamiento, autorización del paciente, aviso de privacidad y medidas de seguridad.

Reportes

Si atiendes solo particulares, tu obligación de reporte es la factura electrónica ante la DIAN. Cuando empieces a facturar a EPS, medicina prepagada o pólizas, entran los RIPS asociados a la factura electrónica bajo la Resolución 948 de 2026. Y en interoperabilidad, la Resolución 1888 de 2025 adoptó el Resumen Digital de Atención con implementación progresiva según el tipo de prestador: no es un plazo único para todos, así que conviene seguir el calendario que publique el Ministerio antes de asumir fechas.

Después de habilitar: mantener el registro vivo

La habilitación no es un diploma que se cuelga. Tres obligaciones la sostienen:

• Autoevaluación periódica de los estándares, registrada en el REPS. Bajo la 1732 es lo que condiciona la renovación anual, y no hacerla inactiva el servicio.
• Reporte de novedades: si cambias de sede, agregas o cierras un servicio, o cambia el responsable, tienes que actualizarlo. Un REPS desactualizado es hallazgo en visita y motivo de glosa cuando facturas.
• Evidencia operativa: mantenimientos al día, protocolos socializados, historias completas. Lo que se verifica no es que exista el documento, sino que se use.

Ahí es donde el software deja de ser un gasto y se vuelve soporte de cumplimiento: una historia clínica electrónica pensada para habilitación ordena los campos mínimos exigidos, deja trazabilidad de quién registró qué y cuándo, y permite recuperar cualquier atención en segundos durante una visita. En Saludtools cada profesional trabaja con su propio plan y su propio usuario, con formatos por especialidad y generación de RIPS, de modo que la evidencia se produce sola mientras atiendes, en lugar de reconstruirla la semana antes de la verificación.