Contrato de prestación de servicios médicos: qué revisar antes de firmar

Qué es —y qué no es— un contrato de prestación de servicios

Un contrato de prestación de servicios es un acuerdo de naturaleza civil o comercial, no laboral. Lo que contratas es un resultado o una labor concreta, y lo haces con tus propios medios, tu criterio y tu organización del tiempo. Por eso no hay salario, ni prestaciones sociales, ni vacaciones pagadas: hay honorarios.

La jurisprudencia colombiana reconoce tres rasgos que sostienen esa figura:

• Independencia: tú defines el cómo, y participas en la definición del cuándo y el cuánto.
• Autonomía técnica y administrativa: no recibes órdenes permanentes ni estás sometido a un régimen disciplinario propio de un empleado.
• Asunción del riesgo: respondes por el resultado de tu trabajo y asumes los costos de tu operación.

El problema aparece cuando el papel dice una cosa y la práctica dice otra. Si en el día a día concurren los tres elementos del artículo 23 del Código Sustantivo del Trabajo —actividad personal, remuneración y subordinación continuada—, un juez puede declarar que existió un contrato de trabajo sin importar la denominación que le hayan dado las partes. Es lo que se conoce como contrato realidad, y se apoya en el principio constitucional de primacía de la realidad sobre las formalidades (artículo 53 de la Constitución).

En la práctica clínica, las señales de subordinación suelen ser turnos impuestos sin negociación, la obligación de pedir permiso para ausentarte, sanciones disciplinarias, uniformes y credenciales de empleado, o una agenda que la institución llena y modifica sin consultarte.

¿Cambió algo con la reforma laboral?

La Ley 2466 de 2025, sancionada el 25 de junio de 2025, reformó buena parte del régimen laboral colombiano: privilegia el contrato a término indefinido, limita los contratos a término fijo a un máximo de cuatro años y ajustó el artículo 34 del Código Sustantivo del Trabajo sobre contratistas y subcontratistas. Sin embargo, no creó un régimen especial para el sector salud ni fijó una fecha para convertir a laboral la vinculación del talento humano en salud.

Lo que sí hizo fue endurecer la mirada sobre la tercerización de actividades misionales permanentes. A eso se suma el artículo 103 de la Ley 1438 de 2011, que prohíbe vincular al personal misional permanente de las IPS públicas mediante cooperativas de trabajo asociado que hagan intermediación laboral o cualquier otra modalidad que afecte sus derechos.

Conclusión práctica: el contrato de prestación de servicios sigue siendo plenamente válido en salud cuando hay autonomía real. Lo que no sobrevive al escrutinio es usarlo como disfraz.

Las cláusulas de dinero: honorarios, plazos, glosas y descuentos

Aquí es donde se pierde plata sin darse cuenta. Antes de firmar, exige que el contrato responda con precisión a estas seis preguntas.

• ¿Cuánto y por qué unidad? Por hora, por turno, por consulta atendida, por procedimiento o por porcentaje del recaudo. Si es porcentaje, debe decir sobre qué valor se calcula: ¿sobre lo facturado o sobre lo efectivamente recaudado? No es lo mismo.
• ¿Se paga la agenda o el paciente atendido? Si te pagan por consulta efectiva, el no-show del paciente te lo comes tú. Negocia un piso mínimo por jornada o un porcentaje sobre las citas agendadas.
• ¿Cuándo se paga? Fecha exacta de corte y de pago. Cuidado con la fórmula "se pagará una vez la EPS pague a la institución": eso traslada a tus honorarios el riesgo de cartera de un tercero sobre el que no tienes ningún control.
• ¿Quién asume las glosas? Muchos contratos descuentan del médico las glosas asociadas a su atención. Es discutible, pero si lo aceptas debe estar acotado: solo glosas por causa directamente imputable al registro clínico, con derecho a conocerlas, a responderlas y a un plazo para hacerlo.
• ¿Qué se descuenta además? Uso de consultorio, insumos, plataforma, secretaría, publicidad. Súmalo todo y calcula tu honorario neto por hora antes de decir que sí.
• ¿Hay reajuste? Un contrato a doce meses sin cláusula de actualización es un recorte silencioso. Pide una fórmula de ajuste anual explícita.

Recuerda que, como profesional, tienes derecho a pactar tus honorarios: la Ley 23 de 1981 reconoce la retribución económica del servicio profesional como un derecho del médico, a fijarse según la naturaleza y las circunstancias de cada acto, previo acuerdo con el paciente o con quien lo contrata. Si aún no tienes claro tu piso, revisa nuestra guía sobre cuánto cobrar por una consulta particular y llega a la negociación con un número calculado, no con una intuición.

Finalmente, define quién factura. Si eres tú quien emite la factura electrónica de venta al contratante, eso tiene efectos tributarios y operativos que conviene tener resueltos antes, no después del primer pago.

Seguridad social y ARL: qué te toca a ti y qué le toca al contratante

Esta es la parte que más discusiones genera, y la que más fácil se verifica contra la norma.

Salud y pensión: el 40% manda

Como contratista, tú pagas tus aportes a salud y pensión por PILA. La base es el 40% del valor mensualizado del contrato, sin incluir IVA, según el artículo 89 de la Ley 2277 de 2022. Ese ingreso base de cotización no puede ser inferior a un salario mínimo ni superior a 25. Traducción para la negociación: cuando compares dos ofertas, compara honorarios después de aportes, no antes. El detalle del cálculo, la retención en la fuente sobre honorarios y las obligaciones de renta están en nuestra guía de impuestos y seguridad social del médico independiente.

ARL: no es opcional y no siempre la pagas tú

El Decreto 723 de 2013, compilado en el Decreto 1072 de 2015, regula la afiliación a riesgos laborales de quienes trabajan con contrato formal de prestación de servicios de duración superior a un mes. Lo esencial:

• La afiliación la tramita el contratante, no tú, y debe hacerse a más tardar el día anterior al inicio de la ejecución.
• La cobertura inicia el día calendario siguiente a la afiliación y termina con el contrato.
• El pago de la cotización corre por cuenta del contratista en las clases de riesgo I, II y III, y por cuenta del contratante en las clases IV y V (actividades de alto riesgo).
• El IBC de riesgos laborales es el mismo que el de salud y pensión.
• El contratante conserva obligaciones de prevención: reportar e investigar accidentes e incidentes e incluirte en sus actividades de vigilancia epidemiológica.

Verifica en el contrato que quede escrita la clase de riesgo asignada a tu actividad. Es un dato de una línea que determina quién paga y cuánto.

Habilitación, historia clínica y datos: quién responde por qué

Estas tres cláusulas casi nunca están en el contrato, y son justamente las que te pueden costar caro años después.

¿Quién habilita el servicio?

Si prestas el servicio dentro de una institución, el servicio lo habilita el prestador responsable de él: la habilitación en el REPS no se duplica. La Resolución 3100 de 2019 es explícita en que no se permite la doble habilitación de un mismo servicio. Distinto es si además atiendes por tu cuenta: ahí sí debes inscribirte como profesional independiente en el REPS, con tu propio código y sujeto a visita de verificación. Que el contrato diga con claridad bajo qué habilitación operas evita que asumas una responsabilidad regulatoria que no era tuya.

Y en cualquier caso, tu registro en el ReTHUS debe estar al día: es lo primero que revisa cualquier institución seria antes de contratarte, y también lo primero que revisa una visita de habilitación. Si no apareces o falta tu especialidad, resuélvelo antes de firmar; te explicamos el trámite en la guía de cómo inscribirte y consultar tu registro en ReTHUS.

¿Quién custodia la historia clínica?

La institución donde se prestó la atención, no el médico que la escribió. La Resolución 1995 de 1999, modificada por la Resolución 839 de 2017, exige conservar el expediente por un mínimo de 15 años desde la última atención (5 años en archivo de gestión y 10 en archivo central). Esa obligación cobija también a personas naturales o jurídicas que, sin ser prestadores, contratan profesionales de salud en sus sedes y custodian historias clínicas.

Lo que debes negociar: cómo accedes a los registros de tus pacientes después de terminado el contrato. Si mañana enfrentas una reclamación por una atención de hace tres años, la historia clínica es tu defensa, y estará en un archivo al que ya no tienes acceso. Una cláusula de una línea que garantice copia o consulta ante requerimiento legal te ahorra un problema mayúsculo.

La resolución también prevé qué ocurre cuando un prestador cesa actividades o se liquida —avisos públicos, entrega al paciente y, en su defecto, remisión a la EPS o a la entidad territorial— y extiende ese mismo procedimiento a los herederos del profesional fallecido. Si tienes consulta propia, esa previsión te concierne directamente.

¿Quién es responsable del tratamiento de los datos?

Los datos de salud son datos sensibles bajo la Ley 1581 de 2012 y el Decreto 1377 de 2013. El contrato debe definir quién es responsable y quién encargado del tratamiento, quién recoge la autorización del paciente y qué pasa con esa información al terminar el vínculo. Trabajar sobre una historia clínica electrónica con trazabilidad de quién registró qué y cuándo no es un lujo: es la prueba de tu diligencia, y también la evidencia que te protege si alguien modifica un registro después.

Exclusividad, terminación y responsabilidad: las cláusulas que aprietan después

Las cláusulas del final del documento son las que menos se leen y las que más duelen.

• Exclusividad. Mientras dura el contrato puede ser válida si es razonable en alcance, tiempo y territorio y no elimina la competencia. Pero pregúntate qué te cuesta: si te impide atender en otra sede o tener consulta propia, ese costo de oportunidad debería estar reflejado en el honorario.
• No competencia posterior. Prohibirte ejercer en la misma ciudad o especialidad después de terminado el contrato es terreno resbaladizo. En materia laboral, el artículo 44 del Código Sustantivo del Trabajo dispone que no produce efecto la estipulación por la cual un trabajador se obliga a no trabajar en determinada actividad al terminar su contrato. En contratos civiles la cláusula se examina frente a la libertad constitucional de escoger profesión u oficio y frente al régimen de libre competencia. Si te la proponen, hazla revisar antes de firmar.
• No captación de pacientes. Distinta de la anterior y más frecuente de lo que parece. Define qué se entiende por "captar", porque un paciente que te busca por decisión propia no es lo mismo que una base de datos que te llevas.
• Terminación y preaviso. Debe ser simétrico. Si a ti te exigen 60 días de aviso y ellos pueden terminar en cualquier momento sin causa, la asimetría es la cláusula, no el detalle.
• Responsabilidad civil. Revisa si el contrato te obliga a mantener una póliza, con qué cobertura y quién la paga, y si incluye cobertura por reclamaciones posteriores a la terminación. Verifica también que no te trasladen íntegramente la responsabilidad institucional por hechos que no dependen de ti (dotación, insumos, personal de apoyo).
• Cesión del contrato. Que la institución pueda cederlo a un tercero sin tu consentimiento significa que puedes terminar prestando servicios para alguien con quien nunca negociaste.
• Penalidades. Multas por no cubrir un turno, por cancelar agenda o por terminación anticipada. Que existan no es raro; que sean desproporcionadas frente al honorario mensual, sí.

Checklist de 10 puntos antes de firmar

Imprímelo, léelo con el contrato al lado y no firmes hasta que los diez estén resueltos por escrito.

1. Objeto claro: qué servicios, en qué sede, con qué alcance. Nada de "y demás actividades que se le asignen".
2. Honorario y unidad de medida: por hora, turno, consulta o porcentaje, y sobre qué base se calcula.
3. Fecha de pago cierta, no condicionada al recaudo de un tercero.
4. Descuentos taxativos: glosas, insumos, uso de consultorio, plataforma. Con tope y con derecho a controvertirlos.
5. Clase de riesgo y ARL: escrita en el contrato, con la afiliación tramitada antes del primer turno.
6. IBC y aportes: quién declara qué, y confirmación de que el 40% mensualizado es la base.
7. Autonomía técnica expresamente reconocida: criterio clínico, manejo de agenda, ausencia de régimen disciplinario.
8. Habilitación e historia clínica: bajo qué habilitación operas y cómo accedes a tus registros después.
9. Exclusividad, no competencia y confidencialidad acotadas en tiempo, territorio y alcance.
10. Terminación simétrica, con preaviso igual para ambas partes y liquidación de honorarios pendientes.

Un último consejo operativo: el contrato es solo la mitad del trabajo. La otra mitad es dejar rastro de lo que efectivamente hiciste. Un registro clínico ordenado, con fecha, hora y autoría de cada anotación, es lo que convierte una discusión de palabra contra palabra en un hecho verificable —tanto para cobrar lo que corresponde como para defenderte de una glosa o una reclamación—.