Si contratas con EPS: 8 capacidades que tu software debe tener para facturar por evento, cápita y PGP

Lo que cambió y por qué esta evaluación ya no se puede improvisar

Durante años, el prestador que empezaba a contratar con aseguradoras aprendía a las malas: facturaba como podía, la EPS devolvía la cuenta, alguien del equipo reconstruía los soportes a mano y el pago llegaba dos o tres meses tarde. Eso se sostenía porque el marco era relativamente estable y bastante tolerante al papel.

En 2026 ya no. Tres cosas se movieron al mismo tiempo y las tres tocan directamente al software:

• Los soportes y las glosas se estandarizaron. La Resolución 2284 de 2023 fijó los soportes de cobro de la factura electrónica de venta en salud y un nuevo Manual Único de Devoluciones, Glosas y Respuestas. Se implementó por grupos entre febrero y junio de 2025 según la complejidad del prestador, y el régimen anterior —Resolución 3047 de 2008 y sus modificatorias, la 416 de 2009, la 4331 de 2012 y la 3253 de 2009— quedó derogado el 1 de abril de 2026, tras una transición que se prorrogó dos veces.
• El RIPS dejó de ser un reporte y pasó a ser el soporte de la factura. La Resolución 948 de 2026 actualizó las reglas del RIPS como soporte de la FEV, derogó las Resoluciones 2275 de 2023, 558 y 1884 de 2024, y creó el CUCON, el Código Único de Contrato. Si el JSON no valida en el Mecanismo Único de Validación, no hay Código Único de Validación; y sin CUV, no hay cuenta que presentar.
• El contrato se volvió más exigente. El Decreto 441 de 2022 —que sustituyó el capítulo de acuerdos de voluntades del Decreto 780 de 2016— define un contenido mínimo de 22 elementos para el acuerdo, incluida la nota técnica y la modalidad de pago con sus mecanismos de ajuste de riesgo.

Traducido: la parte administrativa de cobrarle a una EPS dejó de ser un trabajo de escritorio y pasó a ser una función del sistema. Si el software no la hace, la hace una persona, y esa persona se equivoca.

Antes de mirar software: qué dice tu acuerdo de voluntades

Ningún proveedor puede decirte qué necesitas si no sabes qué firmaste. El Decreto 441 de 2022 obliga a que el acuerdo de voluntades incluya, entre otros elementos, el objeto, la población, los servicios habilitados, la red, la modalidad de pago y sus mecanismos de ajuste de riesgo, la nota técnica, las tarifas, los indicadores pactados con su periodicidad de seguimiento, los reportes de obligatorio cumplimiento y los plazos de pago.

Esa lista es, en la práctica, tu pliego de requisitos técnicos. De ahí salen las tres preguntas que determinan qué software necesitas:

1. ¿Bajo qué modalidad me van a pagar? Determina qué tienes que controlar para no perder plata.
2. ¿Qué indicadores y reportes quedaron pactados, y cada cuánto? Determina qué tiene que poder sacar el sistema sin que alguien arme un Excel cada mes.
3. ¿Qué dice la nota técnica sobre frecuencias de uso y costos? Determina contra qué vas a comparar tu operación real.

Si no tienes claras las modalidades y sus implicaciones, vale la pena leer primero cómo funciona la contratación entre EPS e IPS y qué es un acuerdo de voluntades. Este artículo asume ese punto de partida y se concentra en la decisión de compra.

Modalidad por modalidad: qué tiene que resolver el sistema

El Decreto 441 de 2022 define cuatro modalidades de pago, y cada una convierte un riesgo distinto en un requisito distinto de software. Este es el punto que más se pasa por alto en las demos: se evalúa "si factura", cuando la pregunta real es "si me deja ver que estoy perdiendo plata a tiempo".

Pago por evento

Es retrospectivo: se acuerda una suma fija por cada unidad suministrada y se cobra lo efectivamente prestado. El riesgo aquí es de fuga de facturación y de glosa. Lo que necesitas del sistema:

• Que toda atención registrada en la historia clínica llegue a facturación, sin atenciones huérfanas al cierre de mes.
• Que la tarifa aplicada sea la del contrato, no una lista genérica.
• Que los soportes exigibles queden anexados desde la atención, no reconstruidos después.

Pago por capitación

Es una suma fija por usuario de una población asignada e identificada, durante un periodo determinado. El ingreso ya está definido: el riesgo es que la frecuencia de uso real supere la que se calculó en la nota técnica. Lo que necesitas:

• Cargar y mantener la población asignada, y distinguir a quién estás atendiendo dentro y fuera de ella.
• Medir frecuencia de uso por servicio y compararla con la frecuencia estimada del contrato.
• Identificar la atención de personas no capitadas, que se cobra por otra vía.
• Reportar lo prestado aunque el pago no dependa de cada evento: la Resolución 948 de 2026 no exime de RIPS por estar capitado.

Pago global prospectivo (PGP)

Es una suma fija global por atender a una población durante un periodo. Es la modalidad que más castiga la falta de información, porque el techo está pactado y lo sabes tarde. Lo que necesitas:

• Consumo acumulado contra el valor global pactado, con corte mensual y no anual.
• Trazabilidad de lo que quedó dentro y fuera del alcance del acuerdo.
• Indicadores de resultado y de proceso, porque el pago global prospectivo casi siempre trae metas asociadas.

Pago por caso, conjunto integral de atenciones o paquete

Una suma fija por caso atendido, ligada a un evento o condición. El riesgo es de alcance: qué entra en el paquete y qué se puede cobrar aparte. El sistema debe permitirte agrupar todas las atenciones de un mismo caso y ver el costo real contra el valor pactado.

Las 8 capacidades que debes verificar antes de firmar

No son funciones de folleto: son cosas que se piden en pantalla, con datos de prueba, durante la demostración.

1. Factura electrónica de venta en salud con RIPS asociado y validación. Que el sistema genere la FEV, arme el RIPS en JSON, lo envíe al Mecanismo Único de Validación y guarde el CUV. Pide ver qué pasa cuando la validación falla: dónde aparece el error, si se puede corregir y reenviar sin rehacer la atención.
2. Registro del CUCON y de los datos del contrato. Que puedas registrar el Código Único de Contrato y asociarlo a las atenciones, junto con la modalidad de pago y la vigencia. Verifica también el manejo del número de póliza cuando el pagador no es una EPS.
3. Tarifario por contrato, no un único listado de precios. Si atiendes tres pagadores con tres tarifas distintas para el mismo código CUPS, el sistema tiene que resolverlo solo. Pregunta cómo se actualiza el tarifario cuando el contrato se renueva.
4. Armado automático del paquete de soportes. La Resolución 2284 de 2023 fijó qué soportes se pueden exigir y prohibió pedir adicionales. Que el sistema anexe lo exigible desde la atención —y solo lo exigible— evita tanto devoluciones como trabajo inútil.
5. Ciclo completo de devoluciones, glosas y respuestas con los códigos vigentes. Registrar la glosa recibida con su código del Manual Único, asignar responsable, cargar la respuesta con soporte, controlar los plazos del artículo 57 de la Ley 1438 de 2011 y ver el estado de cada cuenta. Este es el módulo que separa un software de facturación de un software de cuentas médicas.
6. Control de la modalidad contratada. Según lo que firmaste: población capitada y frecuencia de uso, consumo contra techo en PGP, agrupación por caso en paquete. Que exista, aunque sea básico, y que no dependa de una exportación manual.
7. Reportes y trazabilidad del ciclo de ingresos. Facturado, glosado, aceptado, pagado y pendiente, por pagador y por periodo. Sin esto no puedes conciliar ni saber cuánta plata tienes atrapada.
8. Respuesta del proveedor al cambio normativo. El sector se movió tres veces en dieciocho meses: transición de glosas, Resolución 948 y calendarios de implementación. Pregunta con nombre propio quién actualiza el sistema, en cuánto tiempo lo hizo la última vez y si esa actualización tuvo costo adicional.

Los criterios generales de evaluación —seguridad, historia clínica, soporte, contrato— están en nuestra guía para elegir software de historia clínica en Colombia. Esta lista es la capa adicional que aparece cuando entra un pagador institucional.

Glosas: el módulo que decide si de verdad cobras

Una glosa es una no conformidad que afecta parcial o totalmente el valor de la factura y que el prestador debe resolver. Una devolución es distinta: afecta la factura completa, se detecta en la revisión preliminar e impide darla por presentada. La diferencia importa porque la devolución te devuelve al punto de partida.

Los tiempos del artículo 57 de la Ley 1438 de 2011 siguen siendo el reloj del proceso:

• 20 días hábiles tiene la entidad responsable de pago para formular y comunicar glosas, contados desde la presentación de la factura con todos sus soportes.
• 15 días hábiles tiene el prestador para responder, aceptando o justificando la no aceptación.
• 10 días hábiles tiene el pagador para decidir si levanta la glosa total o parcialmente, o la deja como definitiva.
• Si vencen los plazos sin que se formulen glosas, opera la aceptación tácita de la factura, como recoge expresamente el Decreto 441 de 2022.

Nada de eso funciona si las fechas viven en la cabeza de alguien. Un sistema que no te avise que quedan tres días para responder una glosa te está costando dinero de forma silenciosa. Sobre las causas clínicas y documentales más frecuentes, vale la pena revisar cómo reducir glosas desde la historia clínica electrónica: buena parte de las glosas se previenen en el registro, no en el área de cartera.

Cuatro errores caros al elegir

• Comprar por el precio de la licencia y no por el costo del ciclo. Una glosa no respondida a tiempo o una cuenta devuelta dos veces cuesta más que la diferencia mensual entre dos proveedores.
• Asumir que "genera RIPS" significa "valida". Generar el archivo y superar la validación del Ministerio con el CUV son dos cosas distintas. Pídelo en vivo.
• Evaluar solo con el contrato que ya tienes. Si en un año vas a contratar con un segundo pagador bajo otra modalidad, evalúa desde hoy con ese escenario.
• Dejar la conciliación fuera del alcance. Muchos prestadores descubren tarde que su sistema factura bien pero no permite conciliar lo pagado contra lo facturado, que es donde aparecen las diferencias reales.

Cómo probarlo antes de firmar: dos semanas bien usadas

Una demo comercial muestra el camino feliz. Una prueba corta con tus datos muestra lo demás. Un plan razonable:

1. Días 1 a 3. Cargar el contrato: tarifario real de un pagador, CUCON, modalidad y vigencia. Si esto ya es difícil, es una señal.
2. Días 4 a 7. Registrar diez atenciones reales del mes anterior, generar sus facturas con RIPS y llevarlas hasta la validación. Contar cuántas pasan a la primera.
3. Días 8 a 10. Tomar tres glosas reales que hayas recibido, cargarlas con su código del Manual Único y responderlas dentro del sistema, con soporte adjunto.
4. Días 11 a 14. Sacar los reportes: facturado por pagador, glosado, pendiente. Comparar con lo que hoy sale de tu Excel. La brecha es tu diagnóstico.

Si el proveedor no permite una prueba con datos propios, o si cada paso requiere una llamada al área técnica, ya obtuviste información valiosa sobre cómo será la relación después de firmar.

Dónde encaja Saludtools

Saludtools es un software de historia clínica electrónica en la nube para consultorios e IPS en Colombia, con facturación electrónica en salud y generación de RIPS integradas al mismo flujo de la atención: lo que el profesional registra en la consulta es lo que alimenta la factura y el reporte, sin doble digitación. El equipo actualiza la plataforma cuando cambia la norma —la Resolución 948 de 2026 fue el ejemplo más reciente— y publicamos los detalles de cada cambio en el módulo de RIPS y en facturación en salud.

Vale la pena decir también dónde no somos la respuesta obvia. Saludtools funciona por plan individual: cada profesional tiene el suyo, de modo que un equipo de diez médicos son diez planes, no una sola cuenta multiusuario. Y si tu operación gira alrededor de contratos capitados o PGP de gran volumen, con auditoría de cuentas médicas como proceso central, lo honesto es evaluarnos con esa lista en la mano y ver caso por caso qué cubrimos y qué no. Preferimos esa conversación antes de firmar y no tres meses después.

Si vienes de papel o de hojas de cálculo y estás a punto de empezar a facturarle a un pagador institucional, ese es el momento correcto para ordenar el sistema: la interoperabilidad y el reporte se vuelven mucho más difíciles de resolver cuando ya hay cuentas devueltas encima.

Este artículo es informativo y no reemplaza la asesoría jurídica ni contable. Antes de firmar un acuerdo de voluntades, revisa el texto con tu asesor y verifica las normas vigentes en las fuentes oficiales del Ministerio de Salud y Protección Social.