Nota crédito y nota débito en la factura electrónica de salud: cuándo emitirlas y cómo ajustar el RIPS

La factura validada no se edita: se corrige con notas

Cuando emites una factura electrónica, la DIAN le asigna un código único (CUFE) y la registra. Desde ese momento no hay botón de "editar" ni de "eliminar" que tenga validez: si tu software te deja cambiar la factura en pantalla sin generar un documento nuevo, lo que cambió es una copia local, no la factura que conoce la DIAN ni la que recibió el pagador.

En salud hay además una segunda capa. La factura va acompañada del RIPS, que la Resolución 948 de 2026 mantiene como soporte obligatorio de la FEV, y el paquete completo pasa por el Mecanismo Único de Validación (MUV) del Ministerio, que devuelve el Código Único de Validación (CUV). Sin CUV, la EPS o el pagador no pueden recibir ni tramitar la factura. Por eso cualquier corrección tiene que cuadrar en los dos lados: el tributario (DIAN) y el de salud (RIPS).

Para eso existen tres documentos:

• Nota crédito: disminuye el valor de la factura o la anula por completo. Es la más frecuente.
• Nota débito: aumenta el valor de la factura cuando cobraste de menos.
• Nota de ajuste del RIPS: corrige la información del RIPS cuando el error no cambia el valor facturado. No pasa por la DIAN como documento de valor, porque el monto no se mueve.

Cuándo emitir una nota crédito

La nota crédito se usa cada vez que el valor correcto es menor que el facturado, incluido el caso extremo en que la factura no debió existir. Estas son las situaciones más comunes en un consultorio o una IPS pequeña:

• Aceptaste una glosa que afecta el valor. Si la EPS objetó parte de la cuenta y tú aceptas el motivo, la nota crédito va por el valor aceptado, no por el total de la factura.
• Cobraste una tarifa mayor a la pactada. Por ejemplo, liquidaste con la tarifa del año anterior o con la de otro contrato.
• Facturaste un servicio que no se prestó. El paciente no asistió, el procedimiento se suspendió o se duplicó un ítem.
• Te equivocaste de pagador. Facturaste a una EPS una atención que correspondía al SOAT, a una ARL, a una prepagada o al paciente particular. La salida es anular con nota crédito total y expedir una factura nueva al pagador correcto.
• Diste un descuento después de facturar. Una rebaja acordada con el paciente o con el pagador una vez emitida la factura.
• Se venció el plazo de radicación. La Resolución 948 de 2026 da 22 días hábiles desde la expedición de la factura validada por la DIAN para radicarla ante el pagador. Si se vencen, debes anular esa factura y expedir una nueva para poder cobrar.

La nota crédito siempre referencia la factura original (número, fecha y CUFE) y lleva un concepto de corrección que dice por qué se emite: devolución o no aceptación parcial del servicio, anulación, rebaja o descuento, ajuste de precio, entre otros que define la DIAN. Elegir bien el concepto importa: una nota por "rebaja" y una por "anulación" dejan rastros distintos en tu contabilidad y ante el pagador.

Cuándo emitir una nota débito

La nota débito es el espejo: se usa cuando el valor correcto es mayor que el facturado. Es menos frecuente, pero aparece en situaciones concretas:

• Liquidaste por debajo de la tarifa pactada. Por ejemplo, el contrato se actualizó en enero y seguiste facturando con la tarifa vieja.
• Olvidaste un insumo o un componente del servicio que sí estaba cubierto y debía ir en esa misma factura.
• Cobros adicionales pactados, como intereses o gastos que el contrato permite trasladar al pagador.

Antes de emitirla, revisa el acuerdo de voluntades con el pagador. Algunas entidades prefieren que un servicio omitido completo se cobre en una factura nueva y no como mayor valor de la anterior, y aceptar una nota débito que el contrato no contempla puede terminar en una devolución. Si tienes dudas, pregúntale al pagador antes de emitir, no después.

La nota de ajuste del RIPS: cuando el error es de información

Buena parte de las glosas no discuten el valor sino la calidad de los datos: un diagnóstico con el código CIE equivocado, la finalidad de la consulta mal marcada, una fecha, el tipo de documento del paciente. Para esos casos la Resolución 948 de 2026 prevé la nota de ajuste del RIPS: corriges el RIPS, lo validas de nuevo en el MUV y la factura queda como estaba.

El error típico es resolver una glosa de información con una nota crédito "por cero" o, peor, anulando y refacturando. Ninguna de las dos es necesaria si el valor no cambia, y la segunda te expone a quedar por fuera del plazo de radicación.

La mejor forma de no depender de estas notas es que el RIPS salga de lo que quedó registrado en la atención, no de una digitación posterior. En cómo reducir las glosas médicas desde la historia clínica electrónica explicamos por qué la mayoría de glosas de información nacen en la consulta y no en facturación.

Cómo viaja una nota: de la DIAN al MUV y al pagador

Emitir la nota ante la DIAN es solo la mitad del trabajo. Si la factura ya tenía CUV, la corrección tiene que llegar también al Ministerio y al pagador. El recorrido completo es este:

1. Emites la nota crédito o débito desde tu sistema de facturación, referenciando la factura original y con los datos del sector salud que ya llevaba la factura (código de habilitación, modalidad de pago, cobertura y contrato).
2. La DIAN la valida y le asigna su propio código único.
3. Actualizas el RIPS para que refleje el nuevo valor o el servicio corregido. La Resolución 948 exige que el RIPS se ajuste cada vez que hay notas crédito, notas débito o respuestas a glosas.
4. Envías el paquete al MUV: el XML de la nota ya validado por la DIAN y el JSON del RIPS correspondiente. Si la corrección es solo de información, envías el JSON de la nota de ajuste del RIPS.
5. El MUV devuelve el resultado: aprobado con CUV o rechazado con las reglas que fallaron. Desde el 1 de junio de 2026, varias reglas de validación pasaron de notificación a rechazo, así que conviene revisar el resultado y no dar la corrección por hecha.
6. Remites al pagador la nota con su soporte validado, dentro del trámite de la glosa o de la cuenta.

Si el pagador es un paciente particular, la nota crédito o débito ante la DIAN es la misma herramienta. Confirma con tu proveedor de facturación cómo maneja el RIPS de esas facturas, para que factura, nota y soporte queden consistentes.

Si quieres repasar los cambios que trajo la norma en el esquema del RIPS, los tienes en qué cambia en el RIPS como soporte de la factura electrónica con la Resolución 948 de 2026.

Notas y glosas: los plazos que corren en paralelo

Buena parte de las notas crédito nacen de una glosa. El trámite lo fija el artículo 57 de la Ley 1438 de 2011, y el manual único de devoluciones, glosas y respuestas está en la Resolución 2284 de 2023. Los plazos que debes tener presentes son:

• 20 días hábiles tiene la entidad responsable de pago, desde la radicación de la factura con todos sus soportes, para formular y comunicar las glosas.
• 15 días hábiles tienes tú, desde que recibes la glosa, para responder: aceptarla o justificar por qué no la aceptas.
• 10 días hábiles tiene la entidad, después de tu respuesta, para decidir si levanta la glosa total o parcialmente o si la deja como definitiva.

La nota crédito entra en juego cuando aceptas la glosa (en tu respuesta) o cuando la glosa queda en firme. Emitirla antes de responder, "para salir del tema", es regalar el valor: si tenías argumentos, la glosa podía levantarse. Y dejarla para después tiene el costo contrario: la cartera sigue mostrando un valor que ya sabes que no vas a recibir.

Errores frecuentes que terminan en devolución

• Modificar la factura en el software sin emitir nota. La DIAN y el pagador siguen viendo la factura original.
• Emitir la nota ante la DIAN y olvidar el RIPS. Factura, nota y RIPS dejan de coincidir y el MUV lo detecta.
• Hacer nota crédito por el total cuando la glosa fue parcial. Dejas de cobrar la parte del servicio que el pagador sí reconocía.
• Usar nota crédito para corregir un diagnóstico. Si el valor no cambia, es nota de ajuste del RIPS.
• Anular y refacturar sin mirar el calendario. Cada factura nueva abre su propio plazo de radicación de 22 días hábiles; si la emites tarde en el mes y la radicas tarde, vuelves a empezar.
• No avisarle al contador. Las notas cambian el ingreso del periodo. Si no llegan a contabilidad, tu declaración queda con ingresos que no recibiste o sin ingresos que sí facturaste.

Si eres independiente y estás organizando tu facturación desde cero, en cómo facturar siendo médico independiente en Colombia tienes el recorrido completo, desde el RUT hasta la radicación.

Este artículo es informativo y no reemplaza la asesoría de un contador o revisor fiscal sobre el tratamiento tributario de tus notas crédito y débito.

Dónde encaja Saludtools

La mayoría de notas se evitan antes de facturar: cuando la tarifa sale del contrato correcto, el código del procedimiento sale de lo que se registró en la atención y el RIPS se arma con los mismos datos de la historia clínica, hay menos valores equivocados y menos glosas de información que corregir después.

Saludtools une la generación de RIPS con la historia clínica y la facturación electrónica, para que factura y soporte salgan de la misma atención. Si ya facturas con nosotros y necesitas emitir una nota, nuestro equipo de soporte te acompaña en el paso a paso de tu caso.